構造バイオインフォマティクス研究室

黒田　大祐　准教授 / Daisuke Kuroda, Ph.D.

大規模生命科学データの情報処理を通して生命現象を「理解」する！

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当研究室では、コンピュータを用いて生命現象の解明に取り組んでいます。研究のキーワードは、ゲノムおよび生体分子の「進化」と「合理設計」です。主に免疫系において重要な役割を果たしている「抗体」「T細胞受容体」「HLA」などのゲノム情報や分子の立体構造を対象に、「計算・情報科学が駆動する生命科学」を念頭に研究を行っています。生命現象（免疫ゲノム）の理解を通して、所望の性質を持つ免疫レパトアをコンピュータ上で自在に設計・創製するための技術開発を目指しています。

略歴・研究業績はこちら： researchmap / Google Scholar / Web of Science

NEWS (last updated 2026/04/01)

2026-04-01	卒研生（4年生）が8名配属され、研究室の2年目がスタートしました。引き続き、研究生として他大学からの大学院生（京都大学）も1名受け入れています。
2026-03-25	卒業式と学位伝達式が開催されました。1期生6名が卒業しました。
2026-03-11	新しい論文が The Journal of Biochemistry 誌に掲載されました。黒田は責任著者の一人です。
2026-01-30	AMED 新興・再興感染症研究基盤創生事業 R7年度 3研究領域合同研究交流会@品川で黒田が口頭発表をしました。
2026-01-24	新しい論文が PLOS Pathogens 誌に掲載されました。[プレスリリース]
2025-12-10	生体分子設計研究会@東京科学大学で黒田が講演をしました。
2025-12-03	第4回日本抗体学会学術大会@大宮で黒田が講演をしました。
2025-08-08	ウイルスと数理に関するワークショップ@理研iTHEMSで黒田が口頭発表をしました。
2025-07-21	新しい論文が Human Vaccines & Immunotherapeutics 誌に掲載されました。黒田は責任著者の一人です。
2025-07-08	新しい論文が ChemBioChem 誌に掲載されました。
2025-06-20	第25回日本蛋白質科学会年会@姫路で黒田が口頭発表をしました。
2025-06-16	新しい論文が Protein Science 誌に掲載されました。
2025-06-02	新しい論文が Scientific Reports 誌に掲載されました。
2025-05-16	ウイルス・幹細胞システム医生物学共同研究拠点@京都大学のキックオフミーティングで黒田が口頭発表をしました。
2025-04-01	卒研生（4年生）が7名配属され、新しい研究室がスタートしました。研究生として他大学からの大学院生（京都大学）も1名受け入れています。

2026年度は主に以下の講義を担当しています：
・基礎数学（1年生）
・生命科学データ処理 [PC実習]（1年生）
・生命科学のためのプログラミング入門 [PC実習]（2年生）
・生命科学特別講義4 [創薬]（2年生）
・生体情報学1,2（3年生）
・構造生物学（3年生）

研究内容

免疫レパトア（BCR/TCR）をはじめとしたゲノム情報（IG/TR/HLA）に関連する大規模生命科学データの情報処理を通して生命現象を理解し、その知識を医療応用することを目指しています。「創薬」の観点からは、特に抗体やmRNA、ワクチン抗原などの「バイオ医薬品」に着目し、情報科学的視点からアプローチしています。さまざまなウイルスや細菌を標的とした「感染症創薬」に関する研究にも取り組んでいます。